Εννέα από τα σημαντικότερα είδη θαλάσσιων θηλαστικών της Μεσογείου ζουν μόνιμα στις ελληνικές θάλασσες. Πρόκειται για τη φώκαινα, τη φάλαινα Φυσητήρας, την πτεροφάλαινα, το ζιφιό, τη φώκια Μonachus monachus, το κοινό δελφίνι, το ρινοδέλφινο, το σταχτοδέλφινο και το ζωνοδέλφινο.
Δυστυχώς όμως ο πλούτος των ελληνικών θαλασσών κινδυνεύει να εξαφανιστεί εξαιτίας της χημικής ρύπανσης, της κλιματικής αλλαγής, της υπεραλίευσης και της παράκτιας οικιστικής ανάπτυξης.
Σημαντικές περιοχές για τα μεγάλα θαλάσσια θηλαστικά στην Ελλάδα θεωρούνται ο Αμβρακικός Κόλπος, όπου ζουν περίπου 130 ρινοδέλφινα, ο Κορινθιακός καθώς εκεί επιβιώνουν ακόμη ζωνοδέλφινα και κοινά δελφίνια, η Ελληνική Τάφρος η οποία είναι σημαντική για τους Φυσητήρες και τους ζιφιούς και το εσωτερικό Αρχιπέλαγος του Ιονίου που αποτελεί βιότοπο για δελφίνια και άλλα κητώδη.
Ιδιαιτέρως σημαντική περιοχή θεωρείται και το Θρακικό Πέλαγος για τις φώκαινες και τα κοινά δελφίνια, όπως και οι Βόρειες Σποράδες και τα Δωδεκάνησα για τη μεσογειακή φώκια.
Το νέο ευρωπαϊκό πρόγραμμα «Θάλασσα: Μάθε, δράσε, προστάτεψε», το οποίο παρουσιάστηκε από την ΜΟm και το WWF Ελλάς, σε συνεργασία με το Ινστιτούτο Κητολογικών Ερευνών Πέλαγος και το Τethys Research Ιnstitute, στοχεύει στην ευαισθητοποίηση των αρμόδιων φορέων, αλλά και των πολιτών, για τους κινδύνους που αντιμετωπίζουν τα μεγάλα θηλαστικά.
Στις ελληνικές θάλασσες οι επιστήμονες έχουν καταγράψει 11 είδη κητωδών. Υπολογίζεται ότι στα νερά της Ελλάδας ζουν 250-300 μεσογειακές φώκιες και 180 φάλαινες Φυσητήρες. Ελάχιστες φώκαινες επιβιώνουν στα νερά του Βορείου Αιγαίου, οι οποίες πιθανώς αποτελούν και τον τελευταίο πληθυσμό της Μεσογείου.
Τα στοιχεία αυτά προέκυψαν από 26 ερευνητικές αποστολές του Ινστιτούτου Κητολογικών Ερευνών Πέλαγος και του Ερευνητικού Ινστιτούτου Τethys κατά το διάστημα 1991-2008 καθώς και από τα δεδομένα για εκβρασμούς του Εθνικού Κέντρου Θαλασσίων Ερευνών (ΕΛΚΕΘΕ) και του υπουργείου Εμπορικής Ναυτιλίας από το 1991 έως σήμερα.
Στα είδη που παρατηρήθηκαν συχνότερα από τους έλληνες ερευνητές συγκαταλέγεται το ζωνοδέλφινο, η φάλαινα Φυσητήρας, ο ζιφιός, το σταχτοδέλφινο και η πτεροφάλαινα.
Από την άλλη πλευρά, οι παρατηρήσεις των κοινών δελφινιών δεν ήταν τόσο συχνές, ενώ σπάνια εξαιρετικά σπάνιες ήταν οι παρατηρήσεις μεγάπτερων αλαινών, ψευδορκών και φωκαινών.
